ฝ่ายบริหารงานขนส่ง มีหัวหน้าฝ่ายบริหารงานขนส่ง (นักบริหารงานทั่วไป ระดับต้น) เป็นผู้บังคับบัญชา โดยมีหน้าที่เกี่ยวกับการกำหนดนโยบาย การควบคุม กำกับดูแล และอำนวยการการดำเนินงานของงานแผนระบบการขนส่ง งานสถานีขนส่งผู้โดยสาร และงานสถานีขนส่งผู้โดยสารปรับอากาศ
1. งานแผนระบบการขนส่ง มีหน้าที่เกี่ยวกับ
(1) งานจัดระบบการขนส่ง และธุรกิจการขนส่ง
(2) งานการวางแผนระบบการขนส่งและการจราจร
(3) งานพัฒนาการบริการและโครงสร้างพื้นฐานด้านคมนาคมขนส่ง
(4) งานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือตามที่ได้รับมอบหมาย
2. งานสถานีขนส่งผู้โดยสาร มีหน้าที่เกี่ยวกับ
(1) งานการบริหารจัดการสถานีขนส่งผู้โดยสารจังหวัดขอนแก่น
(2) งานการควบคุมการเดินรถโดยสารเข้า - ออกสถานีขนส่งผู้โดยสาร
(3) งานการให้บริการแก่ผู้โดยสารตามภารกิจ
(4) งานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือตามที่ได้รับมอบหมาย
3. งานสถานีขนส่งผู้โดยสารรถปรับอากาศ มีหน้าที่เกี่ยวกับ
(1) งานการบริหารจัดการสถานีขนส่งผู้โดยสารรถปรับอากาศ
(2) งานการควบคุมการเดินรถโดยสารเข้า - ออกสถานีขนส่งผู้โดยสารรถปรับอากาศ
(3) งานการให้บริการแก่ผู้โดยสารตามภารกิจ
(4) งานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือตามที่ได้รับมอบหมาย
4. งานการเงินและบัญชี มีหน้าที่เกี่ยวกับ
(1) งานการเงินและบัญชี
(2) งานจัดซื้อจัดจ้าง
(3) งานจัดเก็บรายได้ของสถานีขนส่ง
(4) งานงบประมาณ
(5) งานจัดทำงบแสดงผลการดำเนินงานทุกประเภท
(6) งานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือตามที่ได้รับมอบหมาย